กองบังคับการสายตรวจและปฏิบัติการพิเศษ ก่อตั้งขึ้นครั้งแรกเมื่อปี พ.ศ.2504 ในสมัยนั้น มีฐานะเป็นกองกำกับการ เรียกว่า กองกำกับการรถวิทยุและศูนย์รวมข่าว (กก.วศ.น.) ประกอบด้วย 4 แผนก ได้แก่ แผนกรถยนต์สายตรวจ แผนกวิทยุ แผนกซ่อม และแผนกบริการประชาชน
ต่อมา สืบเนื่องจากสภาพปัญหาอาชญากรรมต่างๆ ในเขตพื้นที่กรุงเทพมหานครที่เกิดขึ้นในอดีต ปัจจุบัน และแนวโน้มที่จะเกิดขึ้นในอนาคต รวมทั้งเหตุพิเศษต่างๆ ที่เป็นภัยต่อความสงบสุขและเป็นชนวนนำไปสู่การบ่อนทำลายความมั่นคงและความปลอดภัยของประเทศ ซึ่งยากที่จะให้หน่วยงานปกติของกองบัญชาการตำรวจนครบาลป้องกันหรือระงับให้สงบลงได้โดยง่าย จึงได้มีการรวมกองกำกับการรถวิทยุและศูนย์รวมช่าว (กก.วศ.น.), กองกำกับการรักษาสถานที่ (กก.รท.), กองกำกับการสุนัขตำรวจ (กก.สข.) และกองกำกับการตำรวจม้า (กก.ม.บก.จร.) เข้าด้วยกัน โดยมีพระราชกฤษฎีกาแบ่งส่วนราชการกรมตำรวจ กระทรวงมหาดไทย (ฉบับที่ 6) พ.ศ.2519 ให้จัดตั้ง กองบังคับการสายตรวจและปฏิบัติการพิเศษ ขึ้นในวันที่ 21 เมษายน 2519
ปัจจุบัน กองบังคับการสายตรวจและปฏิบัติการพิเศษ มีหน่วยงานที่กำกับดูแล ประกอบด้วย 6 กองกำกับการ และ 2 กลุ่มงาน ได้แก่
- กองกำกับการสายตรวจ
- กองกำกับการศูนย์รวมข่าว
- กองกำกับการต่อต้านการก่อการร้าย
- กองกำกับการสุนัขตำรวจ
- กองกำกับการตำรวจม้า
- กลุ่มงานเก็บกู้วัตถุระเบิด
- กลุ่มงานสัตวแพทย์และสัตวบาล และ
- กองกำกับการฝ่ายอำนวยการ